1962. aastal külma sõja haripunktis aset leidev „The Bureau” jutustab salajase XCOM-organisatsiooni esimese kohtumise salapärase ja laastava vaenlasega.
Algselt Ameerika salajase kaitseliinina Nõukogude Liidu vastu loodud Büroo peab kohanema ja ületama ohu, milletaolist maailm pole varem silmitsi seisnud.
Eriesindaja William Carteri rollis annavad mängijad käsu ja vajutavad päästikule, juhtides oma agentide meeskonda inimkonna ellujäämise nimel peetavas salajases sõjas. Välise ohu tõrjumiseks on ülioluline Büroo võime varjata vaenlase olemasolu, et vältida ülemaailmset paanikat.