Persona 5 on mäng probleemsete keskkooliõpilaste rühma sise- ja väliskonfliktidest – peategelane ja kogumik kaasmaalasi, kellega ta mängu loos kohtub –, kes elavad fantoomvarastena kaksikelu.
Neil on tavaline Tokyo keskkooliõpilase igapäevane töö – klassis käimine, koolijärgsed tegevused ja osalise tööajaga töö. Kuid nad võtavad ette ka fantastilisi seiklusi, kasutades teispoolsuse jõude inimeste südametesse sisenemiseks. Nende jõud pärineb Personast, jungilikust "mina" kontseptsioonist.
Mängu kangelased mõistavad, et ühiskond sunnib inimesi kandma maske, et kaitsta oma sisemist haavatavust, ning sõna otseses mõttes kaitsemaski seljast rebimise ja sisemise minaga silmitsi seismise kaudu äratavad kangelased nende sisemise jõu ja kasutavad seda abivajajate aitamiseks.
Lõppkokkuvõttes püüab rühm Phantom Thieves muuta oma igapäevast maailma, et see vastaks nende arusaamadele ja näeks läbi maskidest, mida tänapäeva ühiskond kannab.