Nõukogude invasioon Afganistani on toonud külmale sõjale uue teravuse ning 1984. aastal ilmub riiki ühesilmne käeproteesiga mees. Need, kes teda tunnevad, kutsuvad teda Maoks; legendaarne palgasõdur, kes on kunagi ajaloo lavalt pühkinud ja Ameerika eraluurevõrgustiku Cipheri poolt koomasse lahkunud. Snake'iga on kaasas Ocelot, vana sõber, kes päästis ta rünnakust, kui ta lõpuks ärkas.
Nüüd on Snake'i endine elukaaslane Kazuhira Miller Nõukogude vägede käes Afganistanis. Snake peab astuma soolomissioonile, et päästa Miller ja tõestada maailmale, et legendaarne palgasõdur pole surnud ega läinud. See esimene samm viib kättemaksurajale selle šifri vastu, mis tappis nii palju Snake'i mehi, ja lahinguni, mis haarab kogu maailma...
See, mis algas Ground Zeroesis... peab lõppema tähega "V".
