Sovietų invazija į Afganistaną atnešė naują šaltojo karo briauną, o 1984 metais šalyje pasirodo vienaakis su protezu. Tie, kurie jį pažįsta, vadina Gyvate; legendinis samdinys, kažkada nuo istorijos scenos nušlavęs ir komos būseną palikęs Amerikos privataus žvalgybos tinklo Cipher. Snake'ą lydi Ocelotas, senas draugas, kuris išgelbėjo jį nuo užpuolimo, kai jis pagaliau pabudo.
Dabar buvusią Snake partnerę Kazuhirą Miller sulaiko sovietų pajėgos Afganistane. Snake turi atlikti solo misiją, kad išgelbėtų Millerį ir įrodytų pasauliui, kad legendinis samdinys nėra miręs ir dingęs. Tas pirmasis žingsnis nuves į keršto kelią pačiam šifrui, kuris išžudė tiek daug Gyvatės vyrų, ir į mūšį, kuris apims visą pasaulį...
Tai, kas prasidėjo Ground Zeroes... turi baigtis raide „V“.
