„Far Cry 3“ žaidėjai įstoja į Jasono Brody, vieno žmogaus, esančio pasaulio pakraštyje, batus, įstrigusio paslaptingoje tropinėje saloje, atskirtoje nuo civilizacijos. Šiame laukiniame rojuje, kur neteisėtumas ir smurtas yra vienintelis tikras dalykas, žaidėjai diktuoja, kada, kur ir kaip klostysis žaidimo įvykiai. Žaidėjai rėks, sėlins, detonuos ir šaudys per salą pasaulyje, kuris prarado bet kokį teisingo ir neteisingo supratimą.