Yakuza 6-s saab Kazuma Kiryu täpselt teada, kui palju on inimesed valmis oma pere nimel ohverdama – olgu need sidemed vere või sideme kaudu –, kui ta uurib mitmeid hämaraid sündmusi, mis hõlmavad neid, mis talle kõige südamelähedasemad on. Värskelt kolmeaastasest vanglakaristusest saabunud vanem ja ilmatu Kiryu saab teada, et tema surrogaatematütar Haruka on tema hooldatavast lastekodust kadunud. Rada viib ta tema vanasse trampimispaika Kamurochos, kus ta avastab, et naine on autolt löögi saanud ja lamab nüüd koomas. Asja teeb hullemaks see, et Kiryu saab teada, et Harukal on nüüd poeg, kelle eest ta peab hoolitsema. Beebi käes, reisib Kiryu Hiroshima mereäärsesse Onomichi linna, et selgitada välja tõde Haruka, tema poja kohta ja võigas saladus, mida Hiroshima yakuza peidavad. , unine sadamalinn Hiroshima prefektuuris Kamurocho, suurima punaste laternate piirkonna uusima arenguni. Tokyo, Yakuza 6 on mängu ülim iteratsioon, mis on segu teravast krimiloost, üliplahvatusohtlikust võitlusest ja kõigist pahedest ja segajatest, mida need kohad pakuvad.
