Maailma kõige kaugemates nurkades eksisteerib maagia endiselt, kehastades maa, taeva ja kõige loodusliku vaimu. Mida kaugemale Euroopa suurriigid oma koloniaalimpeeriume laiendavad, seda enam nad endale nõudlevad kohta, kus vaimudel on endiselt võim – ja kui see juhtub, siis maa ise võitleb vastu koos seal elavate saareelanikega.
Spirit Island on keerukas ja temaatiline koostöömäng, kus pead kaitsma oma saarekodu koloniseerivate sissetungijate eest. Mängijad on erinevad vaimud, kellel kõigil on oma ainulaadsed elementaarjõud. Igal käigul valivad mängijad samaaegselt, milliseid oma võimekaarte mängida, makstes selle eest energiat. Kasutades võimekaartide kombinatsioone, mis vastavad vaimu elementaarsuhetele, saab anda tasuta boonusefekte. Kiiremad võimed jõustuvad kohe, enne kui sissetungijad levivad ja laastavad, kuid teised maagiad on aeglasemad ja nõuavad ettekujutust ja planeerimist, et neid tõhusalt kasutada. Vaimude faasis saavad vaimud energiat ja valivad, kuidas/kas kasvada: kas kasutatud võimekaarte tagasi nõuda, uusi võimeid otsida või oma kohalolekut saare uutesse piirkondadesse laiendada.
Sissetungijad laienevad saarekaardile enam-vähem etteaimataval viisil. Igal käigul uurivad nad mõningaid maid (saare osi); järgmisel käigul ehitavad nad nendele maadele asulaid ja linnu. Järgmisel käigul laastavad nad seal, tuues maale rüüstatuse ja rünnates kõiki kohalviibivaid põliselanikke.
Saareelanikud võitlevad rünnaku korral sissetungijate vastu ja pakuvad vaimudele ka muud abi, kuid ei pruugi seda alati teha täpselt nii, nagu lootsid. Mõned jõud tegutsevad saarlaste kaudu, aidates neil (nt) sissetungijad välja ajada või maad hävingust puhastada.
Mängu edenedes läheb aina keerulisemaks: vaimud levitavad oma kohalolekut saare uutesse osadesse ja otsivad uusi ja võimsamaid jõude, samal ajal kui sissetungijad suurendavad oma koloniseerimispüüdlusi. Iga käik tähistab 1-3 aastat alternatiivajalugu.
Mängu alguses tuleb võitmiseks hävitada kõik mängulaual olevad asulad ja linnad – aga mida rohkem sa sissetungijaid hirmutad, seda lihtsamaks muutub võit: nad põgenevad isegi siis, kui mõni asula või linn on alles. Kaotus saabub siis, kui mõni vaim hävitatakse, kui saar on hävingust haaratud või kui sissetungijate kaardipakk saab enne võidu saavutamist tühjaks.
Mängus on erinevaid vastaseid, kellega võidelda (nt Rootsi kaevanduskoloonia või kauge Briti koloonia). Igaüks neist muudab mänguviisi erinevalt ja pakub erinevaid raskusastmeid, et mäng oskuste kasvades aina keerulisemaks muutuks.
