„Deus Ex: Mankind Divided“ tiesiogiai seka įvykius po rugpjūčio incidento – dienos, kai mechaniškai papildyti piliečiai visame pasaulyje neteko savo proto ir kūno kontrolės, dėl ko žuvo milijonai nekaltų žmonių. Dabar yra 2029-ieji, ir auksinė papildymų era baigėsi. Mechaniškai papildyti žmonės buvo laikomi atstumtaisiais ir atskirti nuo likusios visuomenės dalies. Nusikalstamumas ir teroro aktai tarnauja kaip plona uždanga, slepianti visa apimantį sąmokslą, kuriuo siekiama kontroliuoti žmonijos ateitį...