„Cotton Fantasy“ žaidžia panašiai kaip ankstesni serijos žaidimai, o jos sistemos dažniausiai perkeltos iš „Cotton Reboot!“. Be tradicinių šoninio slinkimo etapų, žaidimas taip pat turi užpakalinio vaizdo lygius, panašius į „Panorama Cotton“ ir „Rainbow Cotton“. „Reboot“ Jewel Fever mechanikas buvo perdarytas, o daiktai dabar nukrenta nuo priešų, kai tik juos užlieja magiški burtai.
