Paskutinė vasara, paskutinė paslaptis... Atelier Ryza 3: Pabaigos alchemikas ir slaptasis raktas seka gerbėjų pamėgtą alchemikę Reisalin Stout ir jos išdykusius draugus į trečiąjį vasaros nuotykį, kuris vyksta praėjus metams po 2021 m. Atelier Ryza 2 įvykių. : Prarastos legendos ir slaptoji fėja. Paskutinis vasaros pabėgimas suranda Ryzą ir draugus, besimėgaujančius ramiu gyvenimu Kurkeno saloje, kai išgirsta žinią, kad netoliese esančiuose vandenyse pasirodė paslaptinga salų grupė. Pasirodo, šios salos, vadinamos Kark salomis, daro neigiamą poveikį jų tėvynei, todėl Ryza su draugais greitai imasi ištirti. Tačiau kai jų tyrimas veda į didžiulius vartus, esančius giliai keistuose griuvėsiuose, Ryza savo galvoje išgirsta persekiojantį balsą, kuris nori nuvesti ją į „Visatos kodą“. Kas su ja kalbasi ir kas slypi už vartų?