Istorija prasideda 2036 m. vasario 6 d., kai nelaimingas atsitikimas, susijęs su kompiuteriais, sunaikina daugybę didelių pasaulio miestų. Didžiulė nelaimė pavadinta „2036 m. problema“, tačiau prognozuojama, kad panašus incidentas įvyks 2038 m. Taigi grupė mokslininkų naudoja „Gaia“ superkompiuterį, kad sukurtų „Žemės simuliatorių“, kad tai neįvyktų, bet žlunga, nes žmonių gimimo potencialas smarkiai sumažėjo. Tada mokslininkai Žemės simuliatoriui pristato „Arecibo žinutės“ formulę, sėkmingai atvesdami žmoniją į kitą pasaulį. Iš pradžių jie jaudinasi, kol suvokia, kad Žemės treniruoklio žmonės patys sukūrė kitą Žemės modeliuoklį. Mokslininkai pradeda įtarti, kad jie iš tikrųjų yra tik Žemės simuliatoriaus gaminiai iš būtybių, kurių padėtis yra virš jų. Istorijos centre yra Takaoka Pollon – įsilaužėlis, turintis galimybę „Išsaugoti ir įkelti“ kaip vaizdo žaidime. Naudodamas savo įsilaužimo paleidimo sistemą, jis gali įsikišti į jį supančią pasaulio liniją.
