Yoshi vana hea Flutter Jump, Ground Pound ja munade viskamine naasevad koos uute võimete ja väljakutsetega, mis kasutavad ära Nintendo 3DS-i funktsioone. Plokkide ja torude hävitamiseks võite kasutada tohutuid mune, mida nimetatakse Mega-Eggs, paljastades saladusi, nagu mündid ja peidetud võtmed. Mida rohkem asju hävitate, seda kõrgemale läheb Mega-Eggi näitaja, mis toob teile selle käigus lisaelusid!